指揮官系統是《新世紀福音戰士OL》中的核心策略系統之一。在《新世紀福音戰士OL》中，玩家是以指揮官的形態進行游戲的。在游戲中，你就是成為在原作中負責指揮EVA的冷靜思考，隨機應變的指揮官們，以宏觀的游戲角度去安排你的EVA，駕駛員和指揮官技能。正是這指揮官系統讓玩家能夠充分的去思考游戲，在面對不同的副本難度和活動的時候能夠深思熟慮擬定策略后作出的最優化方案。
在游戲中指揮官等級決定了玩家的EVA，駕駛員以及裝備的最大等級。
指揮官最大的特色就是在游戲中，除了控制EVA的怒氣技和合體技之外，還添加了指揮官技能。讓玩家可以在戰斗前合理分配最適合的指揮官技能，在戰斗中巧妙的使用指揮官技能，從而達到影響戰局的作用。
指揮官總共分為六種。但是在戰斗中只能攜帶兩種。所以需要我們在不同的戰斗環境下進行分配。需要注意的是在戰斗中，選擇的兩個指揮官之間有1s的公共冷卻時間。
六種類型的指揮官：
愈合：為己方全體單位回復百分比生命值，冷卻30s。立刻回復，只有一回合效果。
怒火：提升己方全體單位百分比攻擊，持續2回合，冷卻30s。增加攻擊buff。
AT護盾：為己方全體單位增加護盾，抵擋百分比生命傷害，持續2回合，冷卻30s。
虛弱：降低敵方所有單位的百分比防御，持續2回合，冷卻30s。
凈化：隨機清除一個己方單位的全部debuff，冷卻30s。
驅散：隨機清楚一個敵方單位的全部buff，冷卻30s。
戰斗中的幾個典型指揮官技能選擇推薦：
1. 普通副本：由于普通副本的推進在等級裝備的成型下推進比較簡單。在自己EVA防御能力比較強的時候，如擁有零號機?？梢允褂?ldquo;怒火+治療”既保證自己的生存，也大大加強了自己的攻擊能力。注意“怒火”在合擊技能量前施放威力更顯著哦。在自己EVA防御能力比較弱的時候，可以使用“治療+AT護盾”組合來保證自己的輸出。
2. 使徒入侵：在歷練的使徒入侵活動中，玩家只可生存6回合就會被強大的使徒擊敗。如何在6回合內打出最大的輸出，指揮官技能在這里建議使用“怒火+虛弱”搭配，從而讓自己的傷害最大化。
3. 虛擬訓練：在歷練的虛擬訓練活動中，由于關卡的通關條件不一樣，這里更需要玩家注意指揮官技能的搭配。如需要在幾回合內獲勝就可使用“怒火+虛弱”的強大攻擊組合，需要不死亡一人的時候就可使用“治療+AT護盾”的終極防御組合。
4. 競技場：在競技場就需要搭配自己的EVA來選擇指揮官技能了，這里需要玩家自己在對抗玩家時的經驗，和對方的EVA搭配，從而判斷和分析自己該選擇的指揮官技能。
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