穿越吧主公所有的副本玩法都是游戲的中心劇情玩法,玩家也是根據游戲的主線任務進行玩法的不斷研究,游戲是按照一定的劇情和故事情節相互關聯而分為多個章節,而且每章又分為普通關卡、精英關卡和BOSS關等多種關卡,這也是玩家獲得眾多經驗和獲得士兵碎片、印綬等道具的主要途徑。
每次的征戰需要消耗一定體力,每次出戰消耗1點體力。戰斗失敗可正常獲得國力經驗獎勵,但其他的獎勵就沒有了。戰斗勝利之后還有相關的戰斗星級評價,如果通過該關卡的簡單難度就獲得一星評價,通過該關卡的普通難度可獲得二星評價,通過該關卡的困難難度獲得三星評價。
在通過關卡的困難難度后,就可以對該關卡的此難度進行直接掃蕩,玩家等級到達15級就會開啟掃蕩功能。BOSS關最多可掃蕩5次,普通關和精英關最多可掃蕩10次。
通關一定章節后,將開啟章節制霸,可獲得制霸獎勵,在制霸榜的前20名,可獲得額外的獎勵哦。