超次元亂斗游戲歷史背景是在一個架空的時代，人類處于類似于歐洲中世紀的蒙昧時期，神權統治著世俗生活。上到王公貴族，下到平民百姓，每個人都匍匐在神的腳下，供奉著自己的一切祈求神的垂憐，而神為了令人敬畏與神的能力，也不斷的降下地震，水災，瘟疫等天罰，震懾任何想要反抗的人類。
玩家受到神的指引，前往一個偏僻的小山村，在去小山村的路上邂逅了許多英靈。而后誤入神明關押英靈的監獄。在見識到各種被宗教裁判所迫害的人群后，他對于神的信仰開始動搖直至瓦解，最后走上了一條追尋人類歷史本源，對抗神權的道路。
在這條道路上，他與朋友們一起查找真相，先后直面東方神系，希臘神系，北歐神系和印度神系等多位主神，經歷了一段驚心動魄又讓人心酸無比的故事……
《超次元亂斗》游戲不但有波瀾壯闊的史詩級主線劇情，更有內容多樣，形式豐富的支線劇情等待玩家去發掘。以眾多歷史人物為藍本的支線劇情，讓玩家在戰斗之余更能找到豐富的劇情彩蛋。
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